Die umfangreichste Baumaßnahme war wohl der Neubau des Rathauses zwischen 1900 und 1908, nachdem mehrere Dutzend Häuser auf insgesamt 19 Grundstücken, die die Stadt gekauft hatte, abgerissen worden waren. Dies bot erstmals die Möglichkeit, den Rathausbau großflächig zu erweitern: Zwischen Großem Kornmarkt, Barfüßergasse und Paulsplatz entstand der Nordbau, südlich der Paulsgasse, der heutigen Bethmannstraße, der Südbau.
Insgesamt wurde dieser Neubau von den Frankfurter Bürgern sehr positiv angenommen, die sich schnell mit ihrem Neuen Rathaus identifizierten. Allgemein befand man, dass es den Architekten Franz von Hoven (1842–1924) und Ludwig Neher (1850–1916) geglückt sei, Vergangenheit und Gegenwart gekonnt miteinander zu verbinden, so dass der Neubau sich harmonisch in seine Umgebung einfüge.
Zu den auffälligsten Merkmalen des neuen Rathauses zählten die beiden Türme an der Westseite des Südbaues, wobei dem großen Rathausturm dabei besonders viel Aufmerksamkeit zuteil wurde. Da von Hoven und Neher die Stadt als einheitliches Gefüge betrachteten, platzierten sie den großen Turm an der nordwestlichen Ecke des neuen Südbaues ausgesprochen prominent – als Zeichen städtischer Autonomie.
Als Vorbild für den hohen Aufbau des großen Rathausturms diente der 1765 abgerissene Sachsenhäuser Brückenturm, auch wenn man diesen nicht in allen Details exakt kopierte, sondern vielmehr nachempfand. Neben dem Aufbau mit seinen vier ausgeprägten Ecktürmen und dem steilen Dach, das von einem Dachreiter gekrönt wurde, waren auch die dekorativen Teile des Turms auf Fernwirkung bedacht. Über dem Kranzgesims an der West- und Ostseite prangte je ein rund drei Meter hoher steinerner Frankfurter Adler, nach Norden und Süden zeigten zwei Uhren auf fast vier Meter großen Zifferblättern die Zeit an. Die Glocken des Uhrwerks wurden „Cornelia“ und „Frau Rat“ genannt, nach den beiden Frauen im Hause Goethe.